Con la entrada de los Reyes Católicos a Málaga y la liberación de esta, se incorpora Málaga a la Corona de Castilla en 1487. Los Reyes fundan bajo su patronazgo, iglesias y conventos que dotan de imágenes que muy pronto los malagueños se congregan en su entorno por muy distintos motivos, unos por enterramientos y otros gremiales. La falta de seguros o cooperativas en aquella época fue la razón por la que se fundaron hermandades y cofradías alrededor de las imágenes, Jesús, María y otros santos. Las hermandades, eran llamadas de penitencia, solían salir en Semana Santa en 2 grupos de hermanos, los flagelantes o llamadas también de sangre y los de luz. Los flagelantes fueron prohibidos a finales del siglo 17. Las de luz son las que han llegado hasta nuestros días y viene su nombre de los cirios y luces que portaban sus hermanos. En aquel tiempo las imágenes salían de los templos en unas reducidas andas portadas por 8 o 10 hombres.
Estas hermandades tuvieron a lo largo de los siglos altos y bajos. Entre las fechas más relevantes están la guerra de la independencia y la desamortización de Mendizábal en las que se perdieron enseres y datos de la época. Las cofradías de aquella época eran bastante anárquicas e intermitentes en sus desfiles procesionales.
En el año 1927 se reúnen 12 hermandades para agruparse, tener un carácter civil de peso en la sociedad malagueña y unas normas para todas las corporaciones dotando a las cofradías de beneficios económicos y un recorrido oficial. Dato importante es que La Agrupación de Cofradías de Málaga, es la primera que se crea con este fin en España.
En el año 1931 estalla la república dejando en suspenso por este tiempo las actividades cofrades. Fue la época de la quema de conventos y en ella se destruyeron gran cantidad de enseres religiosos y patrimonio artístico. En el año 1935, ya gobernando la república, algunas cofradías reúnen algo del patrimonio y salen a la calle, denominándolas como "las valientes" al atreverse a salir a la calle con lo poco que habían podido reunir. En el año 1936 estalla la guerra civil durante la cual se vuelven a perder imágenes y patrimonio religioso. Tras la liberación de Málaga por las tropas franquistas en 1937 y el fin de la guerra en 1939 se implanta el Nacional Catolicismo y aprovechando las cofradías el apoyo del régimen, estas resurgen con fuerza, incorporando en sus desfiles a estamentos militares, nombrando protector a imágenes de algunas hermandades a distintos cuerpos militares, reanudando así una antigua tradición en la historia de la Semana Santa de Málaga.
Dos hechos muy importantes dan lugar a que aumenten el tamaño de los tronos malagueños. Por un lado para dar magnificencia a las imágenes, en un claro mensaje del triunfo del catolicismo frente al ateísmo republicano. Pero también es consecuencia de esto, las malas relaciones que existían entre las cofradías y el clero, debido a las molestias que ocasionaban las cofradías en los ritos religiosos durante la Semana Santa, lo cual hizo que se comenzaran a montar los tronos en tinglaos. Los tinglaos son unas estructuras montadas en la calle y cubiertas con lonas en donde se cobijaban y armaban los tronos. Debido a que ya no se dependía de unas dimensiones para salir por las puertas de las iglesias, se comenzaron a construir enormes tronos, dando una suntuosidad a los desfiles procesionales que han supuesto la gran diferencia entre la Semana Santa de Málaga y otras ciudades. La buena salud que han venido gozando las corporaciones en el transcurso de los años, han hecho que desde entonces y hasta nuestros días se creen nuevas cofradías y un nuevo elemento que es la "casa hermandad". Se trata de edificaciones estables que sirven para albergar a los tronos sustituyendo a los tinglaos y dando además un espacio para guardar y mantener los enseres procesionales, así como para la celebración de reuniones de cofrades. Algunas de estas casas hermandades poseen incluso un museo que puede ser visitado en cualquier época del año.
Es interesante saber que la Semana Santa de Málaga y la Junta Pro-Semana Santa de la ciudad de Popayán, capital del departamento del Cauca en Colombia, se encuentran hermanadas desde 1979. Don Salvador Ximénez de Enciso y Cobos Padilla, obispo de Popayán, nació en Málaga, España, el 26 de Noviembre de 1.765. Fue un gran luchador y conocedor de Nueva Granada. El 5 de Agosto de 1818 tomó posesión del obispado de Popayán, desde donde promovió entre otras muchas cosas la Semana Santa de Popayán. Murió en esta ciudad colombiana el 13 de febrero de 1.841 a la edad de 75 años.